馬清運生于1965年，1988年畢業于清華大學建筑系，并獲建筑工程學士學位。次年赴美國費城賓夕法尼亞大學美術研究生院，攻讀建筑碩士學位。成為繼梁思成、陳植等建筑學前輩之后首位獲獎學金就讀賓夕法尼亞大學建筑系的中國人。馬清運先生在賓夕法尼亞大學期間，曾獲得Shenck-Woodman歐洲旅行獎。1991年畢業時獲Frank-Miles Day榮譽畢業并取得建筑碩士學位。畢業后曾先后在費城Ballinger及紐約KPF任設計師、高級設計師，成為這兩個建筑事務所的主要設計力量。在Ballinger期間，為該公司從服務型事務所轉化為設計型事務所立下汗馬功勞。在KPF期間成為該事務所早期東南亞工程事務的開拓型成員之一。1995年 在紐約成立馬達思班建筑師事務所，該事務所作品以獨創的風格和精良的設計受到建筑界的好評。實踐經驗跨越多種建筑類型，包括：文化教育、科研、辦公、居住等。
馬清運不但精于實踐，并且勤于教育、研究。從1992年開始，馬清運先生開始在賓夕法尼亞大學美術研究生院任客座教授，任James Corner教授景觀及建筑工作室指導，成為該院的第一位華人教師。1995年任中國深圳大學建筑系客座教授及設計院院長助理。1997年成為賓夕法尼亞大學藝術研究生院的全職教師，任研究生主線設計工作室（core studio）教授及畢業論文的導師。馬清運先生的學術興趣集中于城市中的基因元素，都市與建筑的本體關系，快速建造及環境的中國性。指導過的研究生論文中有：Archote (微膚建筑)；Thin City（薄城）；C.C. Tokyo(密碼城市東京)；Teheran: City of Antithetical Coexistence(德黑蘭 對立共存); Picnolapse: strategy of lie(思維空白；撒謊策略)等有爭議性又極富啟發性的論文專題，并多次推薦賓夕法尼亞大學優秀論文獎。除賓夕法尼亞之外，馬清運先生還多次被聘請到哈佛（Harvard）、貝爾拉格（Berlage）、康奈爾（Cornell）、潭普（Temple）、邁阿密（Miami）大學做設計評委及畢業答辯評委。
在費城工作期間，馬清運更作為費城城市管理委員會公共藝術與建筑項目八人審查小組的一員，對費城城市公眾投資項目進行各方面的評估及審查。
1996年，馬清運參與并協助了國際知名建筑師Rem Koolhaas 在哈佛大學舉行的珠江三角洲城市狀態的研究，并成為Koolhaas先生《大躍進》(Great Leap Forward)一書的評論員（Commentator）
1997年馬清運更被Rem Koolhaas推薦參加在法國蓬皮杜藝術中心（Pompidou Center）舉辦的題為“新世紀建筑的趨勢”的演討及展覽會，成為21位世界范圍內選擇出的青年建筑師中唯一的中國人。作品在ARCHITECTURAL RECORD（美國）、A+U(日本)、SPACE DESIGN（日本）、BUWELD（德國）等國際性刊物上發表，并參加威尼斯雙年展（Venice Biennale）、德國柏林Aedes East亞太周的中國建筑五人展等國際性展覽。
2001年3月馬清運在接待國際奧委會評估團對北京申辦2008年奧運會評估考察工作中，是第二位發表演講的陳述專家。馬清運在對主題10“奧運村”進行的陳述中包括了北京城市發展原則、發展遠景及奧運村規劃等。此舉為北京申辦2008年奧運會成功做出了積極的貢獻。
并在2003年，與荷蘭大都會建筑事務所Rem Koolhaas合作北京央視大廈和北京CBD核心區。對北京CBD核心區的規劃發展提出了獨特有力的見解。
同年因積極參與推進市“一城九鎮”試點工作，被上海市青浦區人民政府聘為朱家角中心鎮建設建筑顧問。
2004年主持了“荷蘭Berlage學院—馬達工作室”，并對徐匯區歷史風貌保護及再發展進行了調查和研究工作。
實踐經歷：
1990-1991 美國費城BALLINGER 建筑師事務所，高級設計師
1991-1995 美國紐約KPF設計師事務所，高級設計師
1997-2000 美國費城 Kling Lindquist 設計師事務所，高級設計師
1996至今 美國紐約MADA建筑師事務所
實施項目:
恒隆廣場,中國上海（KPF參與設計）
寧波日報社總部,中國寧波
浙江大學寧波分校,中國寧波
博雅園展示廳,中國北京
東方匯景園，中國上海
天一廣場（CCD），中國寧波
寧波老外灘歷史街區, 中國寧波
藍田玉山石柴，中國西安
北京百島園， 中國北京
無錫站前商貿區， 中國無錫
上海萬科蘇豪街， 中國上海
上海青浦夏陽湖浦陽閣， 中國上海
上海青浦橋梓灣商城， 中國上海
西安廣電世紀園，中國西安
國際競賽:
波蘭華沙市中心重建規劃
德國慕尼黑舊機場改建規劃
威尼斯公共汽車站
深圳文化中心
北京CBD核心區
法國里昂汽車廠
出版、參展：
1997 法國蓬皮杜藝術中心舉辦的新世紀建筑新趨勢研討會
2001 德國柏林，中國建筑五人展
2001 日本S D 獲獎作品展
2002 意大利威尼斯雙年展
2002 上海雙年展
2003 法國蓬皮杜中心
2003 德國柏林Aedes展
2003 英國費頓出版社
2003 入選美國設計雜志《建筑實錄》世界十位“設計先鋒”建筑事務所之一
2003 日本A+U刊登《Father’s House in Jade Mountain（玉山石柴）》
2004 2月德國柏林Aedes建筑畫廊，舉辦馬達思班建筑作品個展
5月西班牙巴塞羅納Aedes建筑畫廊，馬達思班建筑作品個展
5月法國波爾多arc en reve 建筑中心，參與East-West/North-South展覽
11月維也納Zumtobel Staff 畫廊，馬達思班建筑作品個展
2005 4月英國曼徹斯特CUBE畫廊，馬達思班建筑作品個展
7月英國伯明瀚Custard Factory， 馬達思班建筑作品個展
9月英國倫敦Candid Arts Center，馬達思班建筑作品個展
11月廣州三年展 主題講座
12月朱家角及寧波項目參加深圳雙年展
2006 意大利建筑專業雜志DOMUS刊登專題特輯《MADA VOLCANO》
6月《建筑新潮流》世界巡展希臘首站
7月鹿特丹荷蘭建筑師協會中國建筑展
